Родилась 3 июня 1960 года в г. Барнауле.

В 1983 году окончила Алтайский государственный медицинский институт, лечебный факультет. С 1983 по 1984 год обучалась в интернатуре по оториноларингологии на базе Алтайской краевой клинической больницы.

С 1984 по 1987 годы работала оториноларингологом в медсанчастях заводов «Химволокно» и «Трансмаш».

В 1987 год была принята в клиническую ординатуру при кафедре ЛОР-болезней АГМИ, после окончания которой, в 1989 году поступила в очную аспирантуру по оториноларингологии во 2-м Московском государственном медицинском институте им. Н.И. Пирогова, которую закончила в 1992 году. После завершения аспирантуры защитила кандидатскую диссертацию на тему: «Иммунологическая характеристика клинических форм хронического гайморита. Патогенетический подход к лечению», работала в должности ассистента, затем доцента и профессора кафедры оториноларингологии с курсом глазных болезней Алтайского государственного медицинского университета.

В 2005 году защитила докторскую диссертацию на тему: «Эпидемиологические и клинико-патогенетические аспекты рака гортани у жителей Алтайского края». Выполненная диссертационная работа содержит новое решение актуальной научной проблемы - обоснование принципов ранней диагностики и медицинской реабилитации больных раком гортани с учетом роли радиационного фактора в его патогенезе.

В марте 2006 года Ученым советом АГМУ избрана на должность зав. кафедрой оториноларингологии с курсом офтальмологии, с марта 2020 по июнь 2020 исполняла обязанности декана лечебного факультета, с июня 2020 по настоящее время является директором Института клинической медицины ФГБОУ ВО АГМУ Минздрава России. В июне 2020 года избрана на должность заведующей кафедрой оториноларингологии с курсом ДПО. В июне 2020 года решением Министерства образования РФ Хрусталевой Е.В. присуждено ученое звание профессора по специальности 14.01.03 «Болезни уха, горла и носа».

В апреле 2006 года избрана председателем правления Алтайской краевой общественной организации «Общество оториноларингологов», работает в этой должности по настоящее время. 17.10.2024 года возглавила региональное отделение Общероссийской общественной организации «Союз пенсионеров России» по Алтайскому краю.

Заслуженный работник Высшей школы Российской Федерации. Хрусталева Е.В. имеет высшую врачебную категорию, является наставником для молодых врачей, является автором 29-ти учебных пособий и методических рекомендаций для студентов и клинических ординаторов, 380 научных работ и 10 изобретений, под ее руководством защищено 4 кандидатские диссертации. Член Ученого совета и методической комиссии ФГБОУ ВО АГМУ Минздрава России, Председатель Ученого совета и методической комиссии Института клинической медицины АГМУ, член редакционного совета журнала «Вестник оториноларингологии», работает в должности директора Института клинической медицины АГМУ, заведующей кафедрой оториноларингологии с курсом ДПО.

10 сентября 2017 года Елена Викторовна была избрана депутатом Барнаульской городской думы VII созыва.

Поощрена Благодарностью Председателя Совета Федерации Российской Федерации, Почетной грамотой Министерства здравоохранения Российской Федерации, Благодарственным письмом Главного федерального инспектора в Алтайском крае, Благодарственным письмом Алтайского краевого Законодательного Собрания. 

Награждена юбилейной медалью Алтайского края, Почетными грамотами Министерства здравоохранения Алтайского края, администрации города Барнаула, администрации Индустриального района.